公元2636年，不甘心数次失败的异形终于发动了对地球的大规模侵略战争，在异形压倒性的科技面前，人类一时束手无策，面对敌人的攻击节节败退，两度打败异形的魂斗罗小队的传奇战士比尔和兰斯再度临危受命，前去直接破坏敌人的中枢系统，以协助人类展开反击。《魂斗罗3》是KONAMI公司于推出的《魂斗罗》系列的第三作，是SFC上出的系列正统作。游戏中可以切换武器，还有炸弹可以使用，不过相对的敌人的种类也更为丰富了，还有各种坦克、飞机之类的。这一代由于其优异的画面表现、完美的技术性被很多玩家认为是《魂斗罗》系列中最优秀的一作。